Die Stiftung hat zwei Organe: den Vorstand und das Kuratorium.

Der Vorstand vertritt die Stiftung gerichtlich und außergerichtlich und handelt durch seinen Vorsitzenden oder durch dessen Stellvertreter. Er leitet und verwaltet die Stiftung und beschließt über ihre Angelegenheiten.

Der Vorstand besteht aus drei Mitgliedern. Ein Mitglied des Vorstandes soll ein Vertreter von südost Europa Kultur e.V. sein. Dem Vorstand gehören an:

Das Kuratorium besteht aus mindestens fünf, höchstens neun Personen. Ihm sollen zwei Vertreter des südost Europa Kultur e.V. angehören. Das Kuratorium hat die Aufgabe, den Vorstand in seiner Tätigkeit zu beraten, zu unterstützen und zu überwachen. Die Amtszeit seiner Mitglieder beträgt vier Jahre. Dem Kuratorium gehören an:

Das Kuratorium hat am 20. März 2009 Hartmut Albers (Vorsitzender Richter am Bundesverwaltungsgericht a.D.) zu seinem Vorsitzenden gewählt.